Bei einer Unverträglichkeit von Lebensmitteln kommt es zu fast den gleichen Reaktionen wie bei einer Allergie. Beide können sich beispielsweise in Hautausschlag, Verdauungsproblemen, Durchfall oder Schmerzen aller Art äußern.

Der bedeutendste Unterschied zwischen einer Lebensmittelallergie und Nahrungsmittelunverträglichkeit liegt in den Reaktionen des Körpers. Indes bei einer Lebensmittelallergie das köpereigene Abwehrsystem schadensbegrenzend gegen bestimmte Stoffe eines zum Verzehr bestimmten Produktes vorgeht und Immunglobuline bildet, kommt es bei einer Unverträglichkeit von Nahrungsmitteln fast nicht zum Eingreifen des Immunsystems. Es wird jedoch vermutlich auch das biogene Amin Histamin ausgeschüttet, welches die physischen Reaktionen verursacht.

Der konkrete Gang bei einer Lebensmittelunverträglichkeit ist allerdings bisher nicht vollständig entschlüsselt. In einigen Fällen einer Unverträglichkeit von Lebensmitteln fehlen der Person bestimmte Enzyme, wodurch die Verarbeitung einzelner Nahrungsbestandteile erschwert oder gar verhindert wird. Die schlimmsten Ausprägungen von einer Unverträglichkeit von Nahrungsmittel sind Milchzuckerunverträglichkeit und Zöliakie, weil die darunter Leidenden in diesen Fällen ihre kompletten Essgewohnheiten ändern müssen.

Das Ferment Laktase ist für die Verarbeitung der tierischen Milch besser gesagt für die Absorption der Lactose zuständig. Fehlt dem Körper dieses Protein, so kann die Laktose nicht verwertet werden und bildet in der Magen-Darm-Region eine ideale Brutstätte für Bakterien. Diese Anhäufung von Bakterien führt schließlich zu Unwohlsein, Dünnschiss und Blähungen. Um zu checken, ob es sich dabei um eine Intoleranz oder tatsächlich um eine Allergie handelt, bei der sich die körperlichen Beschwerden ähneln, wird der RAST-Test gemacht.

Betroffene einer Laktoseintoleranz sollten auf milchzuckerfreie Milch zurückgreifen oder spezielle Tabletten einnehmen. Handelt es sich allerdings tatsächlich um eine Milchzuckerallergie, sollten Michprodukte komplett vermieden werden. Gluten ist ein Stoff, der hauptsächlich in Weizen, Hirse und überhaupt in Getreide vorkommt. Demzufolge ist die Unverträglichkeit dieses Stoffes unter anderem als Weizenallergie bekannt. Genauso geläufig sind die Betitelungen Zöliakie und Sprue. Bei einer Glutenintoleranz wird die Mukosa des Dünndarms attakiert.

Letztendlich kommt es zur Rückbildung der Darmzotten, welche für die Aufnahme von Nährstoffen verantwortlich sind. Typische Krankheitsanzeichen sind Abgespanntheit, der Verlust von Gewicht, Dünnschiss und Erbrechen. Als Möglichkeit für eine Leidensverbesserung bleibt den Betroffenen nur ein dauernder Verzicht auf bestimmte glutenhaltige Nahrungsmittel. Betroffene Personen können aber zum Beispiel probieren auf Zea mays- , Oryza- und andere alternative Getreidesorten umzusteigen.